Lek. Agata Małkowska jest absolwentką Śląskiej Akademii Medycznej (obecnie Śląski Uniwersytet Medyczny) w Katowicach na Wydziale Lekarskim. Specjalizację z zakresu medycyny pracy uzyskała w 2009 roku.
Śląska Akademia Medyczna w Katowicach, Wydział Lekarski w Katowicach – dyplom ukończenia studiów mgr z dnia 12.07.1996,
Dyplom specjalisty w dziedzinie medycyny pracy z dnia 01.12.2009.